创新项目孵化模块是创新研究院针对各实验学校研究性学习活动中涌现的优秀学生、优秀教师、优秀项目提供在线支持的系统。目前，参加项目实验学校首轮教师培训的教师可以直接进入该系统，在线完成第二轮教师培训内容：提交选题、制订研究方案、发布研究文档、记录研究和辅导心得、提交研究成果，各学科专家将进行咨询、辅导、评价。同时，创新研究院将通过该系统组织中国科协项目实验学校年度展评活动，评选出优秀的研究项目和指导教师，进行奖励并推荐参加国内外科学交流活动。包括全国青少年科技创新大赛、小小科学家奖励活动、国际高中生科学与工程大奖赛等。